Ai putea sa folosesti un vector suplimentar care sa pastreze indicii liniilor matricei, si sa sortezi lista aceasta de indici, comparand de fiecare data liniile intre ele.
...
int cmp(int a,int b)
{
//A[][]
return A[a] < A[b]; //functia de comparare
}
...
int main()
{
citeste(A);
for(int i=1;i<=[Numar linii];i++)
B[i] = i;
sort(B+1,B+N+1,cmp);
return 0;
}