Sper ca ai si reformatat hardul, ca si mie mi s-a intamplat si nu am scapat pana n-am fost la un nene la devirusat! Serios acum, caracterele alea vin de la "Carriage return" si "Line feed", care, in Windows, reprezinta un enter (newline). Caracterele ASCII respective sunt reprezentate in C/C++ cu '\r' si '\n'. Calculatorul tau n-a patit nimic, probabil ai setat MinGW-ul sa iti arate si enterele din fisier.