O metodă ar mai fi să folosești strcpy(s+i, s+i+1); --i; când găsești un caracter numeric, dar asta doar dacă ai nevoie să mai lucrezi în vreun fel cu șirul.
for (int i = 0; i < strlen (s) ; ++i )
if ( s[i] > '0' || s[i] < '9' ) {
strcpy(s+i, s+i+1);
--i;
}