Si eu am avut aceeasi problema la polig. Pe infoarena sa stii ca merge treaba. Pe ubuntu in schimb nu. Eu citeam cu gets, apoi cu sscanf din string, si asa mi-a mers pe ubuntu, dar nu mai mergea pe infoarena. Am schimbat la sfarsit, si din 30 am luat 100.
Citeam ceva gen :
scanf("%d\n", &N); gets(s);
for (i = 1; i <= N; ++ i) {
gets(s);
sscanf(s, "%d%d%d", &a, &b, &c);
}