Ștefan, cred că ce vrei tu să faci e cel mai simplu rezolvat cu o expresie regulată.
O dată ce ai stabilit o linie pe care vrei să faci înlocuirea, poți să faci replace pe (ceva ca) "=[\w| ]+;" (unde \w potrivește un cuvânt, similar cu [a-zA-Z]+) din fișierul 2 cu stringul pe care ai făcut match din fișierul 1 (cu aceeași expresie regulată).
Pentru asta, dacă folosești C++ ai nevoie de o bibliotecă suplimentară (Boost de exemplu) sau poți folosi noul header <regex> dacă folosești C++11.
Și, încearcă întâi în ceva ca Python/Javascript ca să poți testa interactiv expresia regulată și să te asiguri că potrivește ce trebuie.
Succes!